"כשעברתי מוות קליני, ראיתי את הרב יושב בבית דין של מעלה, עוד בחייו"

כשבגר ונכנס לעולם הישיבות, קיבל הכשרה תורנית במספר מקומות, בהן בישיבת פורת יוסף, אצל הרב עזרא עטיה, שהיה גם רבו של הרב עובדיה יוסף שליט"א. בנוסףלמד בבית המדרש לרבנים ודיינים של הרב יצחק ניסים זצ"ל, בו סיים בהצטיינות את לימודיו. זמן לא רב לאחר מכן כבר מונה לדיין הצעיר ביותר בישראל, כחבר בית הדין הרבני בבאר שבע. כבר אז טיפל בבעיות אישיות מסובכות, כולל בנושא היתר עגונות. כעבור ארבע שנים שובץ בבית הדין האזורי בירושלים, ולאחר חמש שנים התמנה לחבר בית הדין הרבני הגדול. בשנות עבודתו כדיין יצר קשרים עמוקים עם אחיו עם ישראל והציבור הרחב על כל גווניו. רבים בארץ ובעולם נועצו בו בכל שאלה שהתעוררה - החל משאלות אישיות ועד בעיות הלכתיות. הוא היה אדם אהוב מאוד והיה קשוב לכל אחד במצוקתו, והקשר הזה עם הציבור הוא שהוביל בסופו של דבר לכך שנבחר בשנת תשמ"ג לתפקיד הרב הראשי לישראל - תפקיד בו כיהן בין השנים 1983-1993, לצידו של הרב אברהם שפירא. את שליחותו ביצע הרב נאמנה, ומסר את נפשו כל העת בתחומים שונים. הוא עסק רבות בקירוב יהודים רחוקים, ולשם כך אף טרח לנסוע למקומות רבים בארץ, כולל קיבוצים ומושבים רחוקים, והכל על מנת לבקר ולדרוש בשלומם של אחיו, ולהרצות בנושאי יהדות ואמונה. בנוסף הרבה להסתובב בעולם בין קהילות יהודיות, תוך שימת דגש על חיזוק המנהיגות היהודית בעולם, כמו גם מאבק בהתבוללות המשתוללת. בנוסף הוא הרבה לדבר אל לבם של יהודי התפוצות על מנת שיעלו לארץ ישראל. מדי פעם טרח לנסוע ולבקר את האסיר יהונתן פולארד בכלאו שבארה"ב.

לאחר שפרש מתפקידו כרב הראשי של ישראל, בחר בו הציבור הדתי לאומי כרבם, יחד עם שותפו בתפקיד הקודם, הרב אברהם שפירא. בשלב זה לרב אליהו היו כבר חסידים רבים ששיחרו לפתחו. הוא נחשב דמות דומיננטית מאוד בעולם ההלכה וכן בעולם הקבלה (בדומה לאביו). בתחום ההלכה פסק הרב לרוב לפי 'הבן איש חי', כמו שנהגו היהודים בעיראק, ממנה הגיע אביו. לעיתים אף שילב אלמנטים מתורת הקבלה, בעיקר מתורת האר"י. פסיקותיו נחשבו מחמירות בתחום ההלכה. מבין חסידיו ואנשים רבים שזכו להיוועץ עם הרב, יש המתארים אותו כבעל ניסים ממש, שהושיע רבים אף במצבים של "יש מאין".

בהמשך דרכו עמד הרב בראש הכולל החשוב "דרכי הוראה" בירושלים. פעילותו הרבה וזיכוי הרבים האדיר תפסו תאוצה רבה יותר, והוא אף עמד בראש "קרן מורשת". כחלק מפעילות הקרן הוקמו בתי מדרש, כוללים וישיבות. בנוסף לרב היה שיעור שבועי קבוע בבית הכנסת שלו בשכונת קריית משה שבירושלים. השיעורים היו מבוקשים ואף שודרו בשידור חי דרך הלוויין להמוני צופים ברחבי העולם, ולאחר מכן אף שוכתבו לעלון פרשת שבוע, שנקרא "קול צופייך".

סיפורים רבים אופפים את דמותו של הרב אליהו זצ"ל. אחד מהם, שהתפרסם מפי מקור אמין מאוד, נוגע לאדם שחווה מוות קליני. כאשר הגיע לעולם האמת, ראה בבית דין של מעלה רבנים חשובים שכבר נפטרו, אך הופתע לגלות את הרב מרדכי אליהו ולזהות אותו כבן דורו ממש. לצערו של אותו יהודי נקבע שהעבירות שלו רבות מן המצוות, והייתה חסרה לו מצווה אחת שתשמש סנגוריה בעבורו, כדי שיוכל לחזור אל העולם ולקבל הזדמנות נוספת כדי לתקן את מעשיו. אותו אדם היה צעיר ובעל משפחה, ולכן התחנן לחזור לחיים, במיוחד עכשיו מתוך מודעות אמיתית למתרחש בעולם העליון. בשעה שדממה כבדה של עצבות פילחה את האולם, קם לפתע הרב מרדכי אליהו ממקום מושבו וביקש שיעבירו אל אותו אדם מצווה אחת מהמצוות שעשה הוא בימי חייו... וכך היה. אותו אדם התעורר לאחר מס' ימים, ובעודו זוכר את המקרה לפרטי פרטים, רץ אל לשכתו של הרב. הרב, בראותו אותו, עוד לפני שאותו אדם פצה את פיו, קם ממקום מושבו בהתרגשות גדולה וקרא: "הלוא אתה הוא פלוני אלמוני! כמה קשה היה להציל אותך...".

בתחילת השבוע, כ"ה בסיוון תש"ע, החזיר הרב הצדיק את נשמתו הטהורה והיקרה אל בוראו. אין ספק שמדובר באבידה קשה במיוחד לעם ישראל, ולא נותר אלא להתפלל שנזכה כולנו שיהיה מליץ יושר טוב בעדנו ובעד כל יהודי באשר הוא ממרום מושבו בעולם האמת, וכן שירבו כמותו בישראל. תהא נשמתו צרורה בצרור החיים, אמן.