לאור חומרת האירוע וממצאי התחקיר, בהמלצת מפקד עוצבת הקומנדו ולאחר שנועץ עם מפקד פיקוד המרכז, אלוף נדב פדן, החליט מפקד האוגדה לנקוט בצעדים פיקודיים: הוא קבע כי סגן ג׳, מפקד הצוות של הלוחם שנפצע, יודח מתפקידו, זאת לאחר שמצא כי הקצין פעל באופן שגוי במהלך האימון והתרשל בכך שלא פינה את הלוחם לאחר שנפצע.
באירוע השני, שהתרחש ביום רביעי שעבר, ה- 1 באוגוסט, במהלך אימוני שבוע הסוואה של היחידה, נפצע לוחם באורח קשה לאחר שקפץ מרכב האמר עומד לתוך מערום שיחים. מצבו ממשיך להיות קשה, והוא מורדם ומונשם במחלקה לטיפול נמרץ נוירוכירורגי בבית החולים "שיבא". לאחר פציעתו של הלוחם נחשף כי מדובר באימון שהפך ל"מסורת" ביחידה. מתחקיר האירוע עולה כי הלוחם נפצע כתוצאה מהקפיצה בסיום אימון. מפקד האוגדה קבע כי מדובר בפעולה פסולה, לא מקצועית, לא ערכית, מסוכנת ושאין בה צורך. לאחר התחקיר, הנחה מפקד האוגדה מספר הנחיות מקצועיות, הכוללות את עצירת האימונים בעוצבת הקומנדו, בדיקה של כלל תיקי התרגילים וביצוע השלמות מקצועיות של התחקיר. בנוסף, הוא הנחה על ביצוע העמקות מקצועיות, בטיחותיות ונורמטיביות בקרב הלוחמים והמפקדים בכלל עוצבת הקומנדו. החזרה לאימונים תתבצע לאחר ביצוע כלל ההנחיות, כל זאת על מנת למנוע אירועים דומים. בנוסף, הוחלט על הדחה מתפקיד של סגן י׳, מפקד הצוות של הלוחם שנפצע באירוע, וזאת בעקבות אחריותו הפיקודית, המקצועית והערכית.
בנוסף להדחתם של שני הקצינים הזוטרים, החליט מפקד האוגדה להעיר פיקודית לסרן י׳, מפקד הפלוגה בה התרחשו שתי הפציעות.
ממצאי התחקיר יועברו לבחינת הפרקליטות הצבאית, לשם קבלת החלטה בעניין פתיחה בחקירת מצ״ח.
במקביל תחל עבודת צוות התחקור בראשות תת-אלוף איתי וירוב, לבחינה פיקודית של ההתנהלות הנורמטיבית ביחידה המדוברת ובכלל היחידות המיוחדות. בנוסף, צוות נוסף שימנה מפקד זרוע היבשה, אלוף קובי ברק, יתחקר מקצועית את האירוע בו נפצע לוחם במהלך אימון קרב מגע.
בצה"ל מדגישים כי "מפקדי היחידה והעוצבה מצויים בקשר עם משפחות הלוחמים שנפצעו באירועים. יחידת מגלן היא יחידה מקצועית, המובילה מאמצים מבצעיים מדי יום ולילה במשימות רבות בכלל גזרות הלחימה, ואף זכתה בתעודת הצטיינות מאלוף פיקוד המרכז. צה״ל לוקח סיכון נוכח פני אויב במידה הנדרשת למילוי משימותיו המבצעיות. לא מקובל ולא מקצועי לסכן חיילים באימונים ובפעילויות שגרה שלא לצורך. צה״ל רואה בחומרה ובודק ברצינות רבה את שני האירועים המדוברים".