האם מותר לשנוא אנשים לא מאמינים והאם זו מצווה?

התווכחתי עם אדם שאמר שמצווה מהתורה לשנוא אתאיסטים ושהם כופרים, חס וחלילה לא לאהוב אותם. אני אמרתי לו שהתורה כולה מתבססת על אהבת לרעך כמוך ושהתורה לא מלמדת לשנוא אנשים אחרים, כי בסופו של דבר כולנו יצירות של השם יתברך והכל נתון להחלטתו.
הוא ענה לי בתגובה כל מיני פסוקים כמו:
הֲלוֹא מְשַׂנְאֶיךָ יְהוָה אֶשְׂנָא וּבִתְקוֹמְמֶיךָ אֶתְקוֹטָט" (תהלים קלט, כא
הוא אומר שהתאיסטים אינם רעי. ״ ולא תשמע אליו״ ״לא תחוס עליו״ ״לא תחמול״ ולא תכסה עליו״.
והוסיף גם:
קצת מתורה שבעל פה: "שנאת הבריות כיצד?
מלמד שלא יכווין אדם לומר אהוב את החכמים ושנא את התלמידים, אהוב את התלמידים ושנא את עמי הארץ, אלא אהוב את כולם, ושנא את האפיקורסין והמסיתים ומדיחין, וכן המסורות.
וכן דוד אמר (תהלים קלט) "משנאיך ה' אשנא ובתקוממיך אתקוטט תכלית שנאה שנאתים לאויבים היו לי" הלא הוא אומר (ויקרא יט) "ואהבת לרעך כמוך אני ה'" מה טעם "כי אני בראתיו"?
ואם עושה מעשה עמך אתה אוהבו, ואם לאו אי אתה אוהבו." (אבות דרבי נתן, פרק טז, ה).

בתור יהודיה דתייה מאמינה, אני מתקשה להאמין שהשם יתברך נותן מצווה לשנוא אנשים, גם אם הם אינם שומרי מצוות. כולנו יהודים, כולנו הילדים של אלוקים האם ייתכן שבורא עולם מצווה לשנוא אנשים כאלה?? אני לא מתחברת לאתאיסטים, אני באמת לא חושבת אבל שצריך לשנוא אותם. האם זה באמת נכון? האם לשנוא יצירתו של השם יתברך בכבודו ובעצמו זו מצווה?
וכיצד ניתן להגיד דבר כזה אם בסופו של דבר הכל מלמעלה והכל לפי תוכניתו של בורא עולם.
אשמח לתשובה ולדעת מי הצודק פה בעניין.