אני לומד לימודי נידה. איך אפשר ליישב את הסתירות בין המפרשים למדע?

אני לומד עכשיו לימודי נידה ובמסגרת הלימוד אנחנו עוסקים במבנה איברי ההולדה של האישה והתחלנו עם המקורות על הגמרא שהם רשי רמבם וכו' אומנם כבר כתב החת"ס שדברי רש"י אינם תואמים את חכמי חכמת הניתוח,ובאמת אחר העיון הנסוף נראה שגם חכמי הניתוח של היום מתקשים להבין מה היא אותה עלייה המדוברת אם כי ר"ח כתב שהיא שלפוחית השתן ועל כך רוב הפרופסורים המעונינים ליישב הדברים עם המציאות נוקטים. אך בעייתי היא כפולה שהאמת עדיין לא ראיתי הסבר המניח את הדעת המיישב את כל המילים בגמרא כגון מן הלול ולחוץ ספיקו טהור איזה מקום הוא ששם יש להניח בודאי שהדם בא רק מן העלייה וכן מה הוא גג פרוזדור וקרקע פרוזדור שנכתבו בגמרא הרי הנרתיק שידוע היום הוא מובנה בצורה אנכית כך שלא שייך כ"כ גג וקרקע. וגם לא מצאתי את הנושא הזה כנושא המדובר בין סתירות המדע והתורה ורציתי לדעת אם יש הסבר המניח את הדעת ומיישב את כל המושגים בגמרא עוד רציתי לדעת האם זו באמת בעיה לומר שכמו שרש"י לא ידע את פירוש הגמרא כמו שאמר החת"ס האם זה איסור לומר שגם חכמים לא ידעו איך נראיתה המערכת מבפנים כמו שמצאתי שבמסכת נידה נחלקו ר"מ וחכמים בעניין אשה מניקה מדוע היא מסולקת דמים האם משום שאבריה מתפרקים או משום שהדם נעכר ונעשה חלב הרי אני מניח שהיום ניתן לבדוק זאת ואכן יתכן שלא ידעו את המציאות או שגם בהנחה זו אני טועה אשמח לתשובה מניחה את הדעת ובהקדם